Manastirea este compusa din doua complexe de cladiri: Manastirea de Jos (Kato) a Sfantului Ion Baptistul si Manastirea din urma (Pisso) a Sfantului Ion Teologul – aceasta din urma este in folosinta si astazi.

Manastirea are o istorie glorioasa datorita activitatii calugarilor sai in toate eforturile nationale pentru libertatea si educarea cretanilor. Din aceasta cauza merita sa fie recunoscuta si respectata pe tot teritoriul insulei.

Cea mai veche data cunoscuta asociata cu cladirea este 1594, acest an fiind gravat pe unul dintre clopotele bisericii. Este foarte probabil ca manastirea sa fi fost fondata in perioada ocupatiei vieneze de un domnitor cunoscut ca Prevelis. Cand turcii au ocupat Creta, in 1649, acestia au distrus multe biserici, printre ele fiind si manastirea Preveli.

Timp de 3 secole manastirea a fost cel mai important centru datorita rolului fruntas in societatea locala a provinciilor Sfantul Vassilios si Sfakia, unde datorita ocuparii partiale turcii au permis un sistem ciudat de toleranta politica si libertate religioasa. Manastirea Preveli este un centru religios, deci un loc de adunare si contact social.